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核苷酸类似物N4-甲基-2′-脱氧胞苷....
点击次数:1568 发布时间:2016-12-30

核苷酸类似物N4-甲基-2′-脱氧胞苷5′-三磷酸用于高GC含量 DNAPCR扩增

采用标准的脱氧核苷三磷酸体系或体系中的dCTP部分或者全部被N4甲基化类似物——N4甲基-2′-脱氧胞苷5′-三磷酸(N4me-dCTP)所代替的混合体系,Taq DNA聚合酶进行高GC含量DNAPCR扩增。用以上两种反应体系来扩增一段高GC含量(GC 含量为78.9%)的DNA片段,含有N4me-dCTPPCR体系扩增出了高产量的目的片段,而包含标准核苷酸的反应体系则产生了大量的非特异性扩增。在对另一段高GC含量(GC含量为 80.6%DNA的扩增中,只有含有N4me-dCTPPCR反应体系所扩增出的目的片段经凝胶纯化后进行二次扩增获得了目的产物。在一个高GC含量模板的直接PCR比较中,含有N4me-dCTP的反应体系明显地比含有各种有机添加剂的标准核苷酸体系表现出更好的扩增效果,据报道这些有机添加剂(二甲基亚砜,甜菜碱,乙二醇)能够解决一些DNA二级结构研究中遇到的难题。在中等GC含量的DNA片段的PCR扩增中,检测到核苷酸类似物在合成每一个目的扩增产物时的解链温度(Tm)明显地低于专一使用标准核苷酸合成相同扩增产物时的Tm值。

原文:

Cyntia R. Flores-Juárez, Eva González-Jasso et al, PCR amplification of GC-rich DNA regions using the nucleotide analog N 4 -methyl-2´-deoxycytidine 5´-triphosphate. BioTechniques 61:175-182 (October 2016).

 

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