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用于宏基因组学研究的不同环境样本中快速DNA提取
点击次数:1358 发布时间:2017-09-19

宏基因组学测序的主要瓶颈是快速有效的DNA提取。我们对多种样本类型采用了三种磁珠提取法平台(KingFisher, epMotion, and Tecan)和一种标准化离心柱法平台进行了DNA提取效率的比较实验,这些样本包括粪便、口腔、皮肤、土壤和水。美国科学家Clarisse Marotz等提取重复样本并且用16S rRNA基因扩增平行测序来评估提取差异和DNA质量。数据证明,与样本的多样性相比,提取方法对测序结果的任何影响很小。然而,KingFisher平台可以在zui短的时间内产生zui大量的高质量读长序列。基于这些结果,我们在没有丢失细菌分类或丰度信息的情况下显著减少了样本的处理时间。

原文:

DNA extraction for streamlined metagenomics of diverse environmental samples. Clarisse Marotz, Amnon Amir, Greg Humphrey. BioTechniques 62:290-293 (June 2017).

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