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如何对核酸染料进行评价?
点击次数:779 更新时间:2023-07-11
  核酸染料目前已经有很多种类型,我们在做实验进行选择的时候,有哪些因素制约着我们呢,我们应该用哪些指标去评价它们,最终找到适合的染料呢?下面从安全性、灵敏度、稳定性、对染色效果的影响(比如染色方法、迁移率等)以及价格等方面来对染料进行评价。
  

核酸染料

 

  1、安全性
  
  如果选择EB替代染料,那么染料的安全性就是一个非常重要的指标。安全性评估主要的检测有Ames测试、细胞渗透性实验、染色体畸变和正向突变分析、口服毒性分析等。在安全性方面,具有较多检测项目和机构出具检测报告的染料,安全性可能会更高;另外在一些报道或对比数据中,我们也可根据它们可能的原料来判断它们的安全性。
  
  2、灵敏度
  
  几乎所有的EB替代染料都宣称其染料的灵敏度至少不低于EB,甚至高于EB,具体到试验内容上,只要不是有特殊的需求一般都能满足。
  
  3、稳定性
  
  核酸染料的稳定性和在各种条件下的染色效果,会直接影响观察到的染色结果。
  
  4、迁移率
  
  在介绍迁移率之前,先了解下常用的染料电泳中应用的3种方式。
  
  (1)点染法:是指将染料、样品和上样缓冲液混在一起,直接在胶上点样;
  
  (2)胶染法:是指在将融胶倒入胶板前,把染料加入融化的琼脂糖凝胶溶液中混匀,然后再倒入胶板,这种方法也是常用的方法;
  
  (3)泡染法:是指在电泳时不加入任何染料,在电泳完成后,将胶置入含有一定浓度染料的染液中进行染色。
  
  由于所有的核酸染料最终都会结合到DNA上,才能通过染料从而对DNA进行分析,这也就意味着如果采用点染法或胶染法进行核酸检测时,根据使用的染料不同,染料或多或少会对核酸的迁移率甚至带型产生影响。一般来说,染料分子越大,安全性会越高;但同时,用胶染法对电泳的迁移率或带型影响就越明显,虽然可以通过减少核酸上样量等方式来进行改善,但仍达不到泡染法的效果。这也是为什么大多数染料(低毒/无毒)厂商建议,采用泡染法来得到准确、漂亮的核酸带型。
  
  当然,对带型、迁移率等的影响除了核酸染料外,还有其它的影响因素,比如琼脂糖的质量,电泳缓冲液的缓冲能力等都有可能对带型和迁移率产生影响。